Akademik kariyerinde 1987'de doçent, 1994 yılında ise Marmara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nde profesör unvanını almıştır. Aynı zamanda Marmara Üniversitesi Anayasa Hukuku Anabilim Dalı Başkanlığı görevinde de bulunmuştur. Kaboğlu, 2003 yılında Başbakanlık İnsan Hakları Danışma Kurulu Başkanlığı görevine getirilmiş ve bu görevde önemli katkılarda bulunmuştur.
2008 yılında, halkı kin ve düşmanlığa tahrik suçlamasıyla açılan bir davada yargılanmış, ancak raporlarının bilimsel içeriğe sahip olması ve şiddeti teşvik etmediği gerekçesiyle beraat etmiştir.
İbrahim Kaboğlu, akademik çalışmaları ve insan hakları alanındaki faaliyetleri nedeniyle 686 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile üniversiteden ihraç edilmiştir. Aynı zamanda uzun yıllardır Birgün gazetesinde yazarlık yapmaktadır.
Siyasete de atılan Kaboğlu, 2018 genel seçimlerinde Cumhuriyet Halk Partisi (CHP) listesinden İstanbul milletvekili seçilmiştir. 2023 seçimlerinde adaylık başvurusu yapmasına rağmen aday gösterilmemiştir.
2022 yılında Fransa'nın en prestijli nişanı olan Légion d’Honneur madalyası ile onurlandırılmıştır.
